Lo que pasa es que la función de php se va a ejecutar antes de que se genere el HTML y Javascript. Sin depender del confirm... si le pusieras un IF de php recién lo evaluaría. El if que pones es de JavaScript y no tiene nada que ver con el php....
Para poder interactuar con PHP necesariamente deberás hacer una recarga de página (que parece que es lo que quieres evitar).
Código PHP:
<script>
resp=window.confirm("DESEA ELIMINAR")
if(resp)
{
//Acá haces una redirección a eliminar.php
//(No sé mucho JavaScript por eso no lo pongo)
//Supongo que será con window.location() o algo así
}
</script>
Y en eliminar.php ejecutas el código que elimina
Código PHP:
<?
$result=pg_query($conn,"delete from ......");
//Y redireccionas a la página anterior
header("location: pagina.php");
?>
Y ya!!
La lógica es más o menos esa... tú puedes agrupar las cosas en un solo fichero... Y también puedes hacer lo de no recargar la página. Para eso utilizas el REMOTE SCRIPTING (utiliza el buscador del foro pa más info)
Saludos
