Las confirmaciones de ese estilo se hacen desde el envento que quieras usar de javascrip: onClick .. onSubmit (si es un formulario) etc ..
El objetivo de todo esto es "no dejar" continuar el proceso siguiente (en ese caso de "redirección") a javascript si no se aceptó el "confirm"
Si haces un link sería algo tipo:
Código PHP:
<head>
<script languaje="javascript">
function confirmar(){
if (confirm("blablabla")){
return true;
} else {
return false;
}
}
</script>
</head>
<a href="eliminar.php?id=<? echo $id ?>" onClick="return confirmar()">borrar</a>
Puedes controlar todo esto sobre un mismo script .. o diferentes .. El caso que tiene que existir una "petición" (recarga) al servidor para hacerle "saber" y "llegar" a PHP que ejecute tal código (entero o parte) y le pase las variables que necesites.
Un saludo,