¿Por qué no usas un formulario común HTML en "ventana1" y ventana2.php sea el script de proceso que va a recibir la varaible(s) que envies en ese formulario HTML y genere tu consulta SQL bajo esas condiciones del valor de tus variables y su salida en PDF si corresponde?
ventana1.php
Código PHP:
<?
<form action="ventana2.php" method="post">
// tus campos de selección <select> .. <input ..> o lo que corresponda
</form>
?>
y ventana2.php
Código PHP:
<?
$filtro=$_POST['nombre_name_campo_formulario'];
// tu consulta SQL "condicional"
$sql="SELECT * FROM tabla WHERE campo='".$filtro."'";
// ejecutas tu consulta SQL.. y generas tu reporte PDF ...
?>
Un saludo,