Cuando compongas tu página para versión "enviar por e-mail" .. usa rutas relativas a tu sitio:
http://www.tal.ta/imagenes/tal.tal o a tus .js externos (sería bueno incrustarlo en el própio código HTML no referenciado) .. Ten presente también como funcionan los clientes de correo .. Muchos "webmails" por ejemplo incrustran tu código en su própio código (valga la rebundancia) .. así que los "<head>" de tu e-mail no tienen efecto (pues están bajo otros <head> de la própia página del webmail) ..
Lo ideal para enviar un e-mail en HTML suele ser sólo enviar el código de tu <body> (y sin esa etiqueta incluso) .. no usar CSS externos (simpre incrustrados sobre el tag que requieras) y el javascript que requieras .. definido en tu "body" (siempre que se pueda).
El tema de modificar "dinámicamente" ese contenido (supongo que usaras tu diseño "HTML" como "plantilla" y PHP para generale ese dato que extraes de tu BD u otros médios) .. Para eso .. puedes ayudarte de motores de Templates (plantillas) como por ejemplo:
Nok Template
http://www.jpw.com.ar/noktemplate/
(no es el único ... pero para entrar al mundo de los "templates" con PHP te puede servir perfectamente).
Un saludo,