Hola ancubero
Si colocas variables php dentro de un archivo .js no lo va reconocer como tal
una de las maneras que puedes solucionarlo seria asi:
tu_archivo.js
Código:
function link(myLink) {
window.location =myLink;
}
tu_pagina.php Código PHP:
<HTML>
<HEAD>
<TITLE>mi página</TITLE>
<script language="JavaScript" src="tu_archivo.js" type="text/javascript"></script>
<script language="JavaScript" type="text/JavaScript">
//Llamas a tu función js y en los parametros le colocas tu variable php
link(<?=$tu_enlace?>);
</script>
</HEAD>
Saludos!