aqui una idea:
suponiendo que tengas una tabla usuario mas o menos asi
id, nombre, email
tendras que agregar un campo que te permita la activaciòn
por ejemplo:
id, nombre, email, estado
donde estado por defecto sera 0
donde estado puede ser int
1 = activado
0 = desactivado
entonces cuando envies el email debes mandar un enlace como este
http://midominio.com/usuarios.php?activacion=1
de esta forma cuando de clic en el en lace estara pasando el dato a la págian usuarios.php
tomas en dato y con una consulta mysql del tipo UPDATE actualizas tu tabla
tambien puedes hacerlo asi:
http://midominio.com/[email protected]
ya queda a tu criterio
espero que te sirva
Saludos