Hola Potro:
Los popups normales no pueden ser medio-invisibles, pero están las ventanas chromless que funcionan en explorer, y al no ser "cosa estandar" no suelo recomendarlo... creo que las páginas hay que tratar de hacerlas para todo el mundo, use el navegador que use.
Otra posibilidad es que se trate de una capa, y eso es más estándar... para mover una capa hay que modificar la posición x,y (estilos width y height) con posiciones absolutas, mediante un script, y para el tema de la tansparencia/opacidad, en explorer hay filtros alfa y en mozilla el estilo moz-opacity (el primero con rango 0..100 y el segundo 0..1) pero no conozco como se implementaría en otros navegadores como opera. Me parece que w3.org indica el estilo "opacity", pero no lo he visto funcionar.
Saludos
