Pero .. vamos a ver.
Usas algo ya hecho "pre-fabricado" o estás diseñando tu própia aplicación tu mismo?
Bueno, en tal caso tienes la función:
include()
Para llamar a código externo donde quieras .. Si ese código externo da salida HTML directo .. donde lo uses ahí veras ese código representado en el conjunto de tu resto de tu página ..
SI quieres hacer funciones .. pues lo mismo pero sólo llamas a la función (que tendrá salida directa o no .. El caso es cuando y donde la llames ahí se representará tu código y se "mezclará" con el resto de tu código HTML/etc .. que tengas.
Te vendría bien ver el tema de "Web modulares":
http://www.zonaphp.com/articulo34.php
Un saludo,