Sucede que estos lenguajes están enfocados a cosas muy distintas, efectivamente como dices JavaScript trabaja del lado del cliente y PHP del lado del servidor. PHP es un lenguaje dinámico, por dinámico me reifero a que depende de la acción que tu quieras ejecutar es la página que vas a ver y otras caracterísiticas adicionales.
Con PHP se puede hacer por ejemplo:
* Conectarte y manipular bases de datos
* Encriptamiento de datos
* Conexiones con Sockets
* Envio de Correo desde el Servidor
* Páginas para recibir correo POP
* Generar archivos
* Uso de Parser XML
* Generar Imagenes
* Crear Cookies
* Comprimir o descomprimir archivos
* Autentificación HTTP
* Funciones para uso de FTP
* Obtener mayor información del cliente
* Funciones SSL
* Funciones de VerySing
* etc, etc, etc, etc.
Cada uno tiene su razón de ser y pues tu decides que usar en determinado momento para una aplicación web.
Si nos preguntas a todos por aquí que cual usamos pineso que todos te responderán que ambos.
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