En general .. desde PHP siempre puedes usar cualquier software como es tu caso de "conversión" de formatos gráficos "externo" a PHP y que no necesariamente sea una "extensión" como lo són las "GD".
Ejemlo .. Si tu servidor corre en windows/linux .. podrías llamar vía exec() y funciones afines de PHP a tu programa X de conversión de imagenes que se pueda llamar por línea de comandos. Así crearías tu imagen con las GD (que ya las usas) en un PNG y de ahí harías la conversión con la llamada a tu software adecuado. Para eso, debes indicar el S.O. de tu servidor y si tienes control como para instalar/ejecutar aplicaciones en el (y de paso .. hasta aquí llegaría PHP .. deberías consultar en el foro de "Diseño" por cual programa de conversión de archivos gráficos realiza lo que necesitas y se pueda llamar por línea de comandos que es lo que le importa a efectos de usarlo desde PHP).
Referente al tema .. tienes "Image Magick" que se puede usar como extensión de PHP o por "línea de comandos" (con versiones para windows y linux).. No sé si soporta GIF al nivle que desaas (crear .. por qué leer lo puede hacer GD sólo también). Revisalo:
www.imagemagick.org
Un saludo,