La idea es la que planteas .. pero por separado.
Tu script.php es el que debe generar su salida usando las sentencias Javascript tipo document.write() y en la página.html que necesites ejecutar ese código lo harás por una llamada pero bajo un tag de un objeto javascript.
Pero en este caso tu archivo.php hará:
Código PHP:
<?
$variable_php="Esto es PHP lanzado desde Javascript";
?>
document.write("<font face='Tahoma'><? echo $variable_php ?></font>");
Y la llamada en tus páginas .HTML sería:
Código PHP:
<scritp languaje="javascript" src="archivo.php"></script>
El caso es que tu script PHP va a devolver su salida en "javascript" para que lo puedas llamar de forma "externa" en tus páginas HTML. Al ser llamado tu script que apuntes en tu "src" .. este como script PHP se ejecutará.
Un saludo,