Ese problema es muy comun no se si exista una solucion diferente, yo lo resolvi asi: en la escena uno despues del stop cree unos frames adicionales en los cuales existe programacion para ir a otras escenas segun se requiera.
En la primera escena los botones van a esos frames segun se determine. y esto puede usarse para tener muchisimas escenas. Posiblemente existan soluciones mas acertadas pero este es un camino muy sencillo
