Pues lo único que sé es que como CGI adolece de mucho fallos de seguridad y el rendimiento es menor que como módulo pero supongo que esto te sirve de poco si no puedes explicarlo. Aquí tienes una explicación sobre los fallos de seguridad:
http://www.lania.mx/biblioteca/manua.../security.html
Mucha suerte, seguro que apruebas