tienes que utilizar javascript, aquí un código:
<script language="JavaScript">
function abrirpopup(theURL,winName,features, myWidth, myHeight, isCenter) { //v3.0
if(window.screen)if(isCenter)if(isCenter=="true"){
var myLeft = (screen.width-myWidth)/2;
var myTop = (screen.height-myHeight)/2;
features+=(features!='')?',':'';
features+=',left='+myLeft+',top='+myTop;
}
window.open(theURL,winName,features+((features!='' )?',':'')+'width='+myWidth+',height='+myHeight);
}
</script>
luego lo llamas desde el vinculo así.
puedes interrumpir el php
cerrando el tag cuando llegues a la ventana popup
?>
<a href="javascript
:;abrirpopup('popup.htm','popupwin ','status=yes scrollbars=yes','480','500','true')">ABRIR POPUP</a>
<?
//continue php
