simple, utiliza css.
Con CSS creas el layout y tb creas los estilos para cuando el usuario imprima tus páginas.
Una explicación detallada de esto la puedes encontrar en ALA :
http://www.alistapart.com/articles/printyourway/
Para que veas que funciona, intenta imprimir la portada de
mi sitio y verás que no sale la imagen superior en el papel ni tampoco el menú de navegación.
Lo otro es que esperes a que yo le dedique una Bitácora a este tema, pero con el tiempo que tengo creo que demorará un poco.