Tambien te ayudará aumentar el tiempo de proceso de tu script de "upload".
Eso lo puedes hacer tu mismo desde tu script vía la función:
set_time_limit()
www.php.net/set_time_limit
Otro consejo:
En lugar de copy() para mover el archivo que subes a su destino definitivo . .usa
move_uploaded_file() (te evitará problemas en configuraciones de PHP con "safe mode" a ON u open_base_dir mas restrictivos ..)
Un saludo,