Problema con include

[TheGhost]

Mi problema es este, tengo un archivo tree.php que vendria a ser el menu y por supuesto mi index.php
No me agrada lo de iframe, entonces decidi usar el include para agregar el menu a mi index.php.

Use este codigo dentro del index.php

Código:

<td width="160" height="289" valign="top">  
<?php  
//Menu.  
include 'Templates/tree.php'
?>  
</td>

El problema esta que cuando quiero ver el index, en el lugar donde deberia estar el menu, solo se ve parte de él, para ser mas especifico, el menu esta en javascript, y resulta que no se ve, solo el fondo y el header del menu
Hize algo mal??
Que me recomeindan que haga?

Saludos
The Ghost