Desde PHP y las librerias de tratamiento de imagenes "GD" puedes generar una imagen partiendo de dos imagenes (tu original y tu "marca de agua").
Si buscas en el foro o en google por "watermark" o "marca de agua" segúro que veras ejemplos de scripts que ya lo hacen (podrías ver por
www.phpclasses.org o en
www.hotscripts.com)
Un saludo,