problemas al calcular md5 de un fichero

[aeb_asturias]

Hola a todos. Tengo el siguiente problema:

Calculo el md5 de un fichero con php y luego con java y obtengo valores distintos. Si calculo el md5 de un string me salen los mismos valores pero con ficheros no.

Al no tener una version del apache actual no puedo utilizar la funcion esa que ya existe en php para calcular el md5 de un fichero (se llama me parece md5_file() ).
Lo que hago entonces es aplicar esta otra funcion que he visto en la pagina oficial para calcular el md5 de un fichero:

function md5_of_file($inFile) {
if (file_exists($inFile)) {
$fd = fopen($inFile, 'r');
$fileContents = fread($fd, filesize($inFile));
fclose ($fd);
return md5($fileContents);
} else {
return false;
}

}

Si os fijais lee de un golpe el contenido del fichero y luego calcula el md5 como si fuera un string.

En java lo que hace es ir leyendo poco a poco el fichero.

¿podrá estar entonces el problema en que al leer en java el fichero poco a poco se obtiene otro valor de md5 que si lo lees de golpe el fichero como se hace en la funcion de arriba?

Espero que alguien me pueda echar una mano porque estoy perdido en este tema.

Un saludo