Sobre la instalación como CGI ...
Fijate en el apartado:
Installing PHP on Windows with Apache 1.3.x
de
http://www.php.net/manual/en/install.apache.php http://www.php.net/manual/en/install...windows.manual
Ahí veras que habla de llamar a php.exe vía:
Action application/x-httpd-php "/php/php.exe"
.. según el comentario del mismo manual anterior ... para indicar una ruta de php.ini concreta hay que usar el parámetro "c" en la llamada a php.exe tal como indica en:
http://www.php.net/manual/en/features.commandline.php
Por cierto .. supongo que estarás conscinte de las desventajas de usar PHP bajo CGI (no sólo en rendimiento .. sino en cosas que NO podras hacer en PHP como autentificación HTTP por ejemplo ... si la requieres). Y también supongo que conoceras que en Apache se peuden configurar "servidores virtuales" donde cada uno disfrute de su própia configuración aislada (tanto del própio apache en sí como servidor HTTP como de otros "CGI" que puedan correr para ese "servidor virtual" como sería PHP en modo CGI y con configuración a "medida" en flag's tipo: php_value directiva.php = valor ...)
Un saludo,