Te comento:
Mysql tiene sus própios tipos de datos (campos) para trabajar con fechas .. segúro que ya usaras campos tipo DATE o DATETIME
Estos campos internamente Msyql los almacena en un formato standar (ODBC o ANSI no secuantos ..) que es el que tanto te "molesta": yyyy-mm-dd hh:mm:ss (la hora si es un DATETIME)
Por tanto .. así deberas generar tus fechas si las introduces "manualmente" a la BD en tus "INSERT/UPDATE" independientemtne de como los escribas en tus "input" de tus formularios o donde captures ese datos.. SIEMPRE tendras que componer ese formato fijo a la hora de guardarlo en tu BD (hacer el INSERT/UPADATE). Lo mismo es aplicable a un "SELECT" en función de ese valor.
En PHP puedes "manejar" una cadena de ese tipo concatenando y usando si corresponde la función explode() para "partir" una cadena por determinado caracter (tu separador de fechas que uses "-" por ejemplo).
Una vez que tienes tu fecha en la BD (mysql) con su formato correcto .. a la hora de representar ese dato (consulta SQL) tienes que usar MAS SQL .. concretamente: DATE_FORMAT() de Mysql (función) para darle el formato de salida de la fecha al que necesites y como gustes (es equivalente en cierta forma al date() de PHP.
Todo lo que puedas hacer desde SQL (tratamiento de fechas .. etc) será siempre más óptimo que hacerlo con "funciones php" cuando es un proceso que es para que lo realice la BD con su própio LENGUAJE de Consultas que es el "S.Q.L." y.. que al igual que aprendemos PHP .. si usamos Base de datos debemos aprenderlo (el que corresponda al que usas: Mysql en tu caso).
Te recomiendo los tutoriales de SQL de:
www.mysql-hispano.com
Y el manual oficial de Mysql donde veras su SQL particular:
www.mysql.com
Un saludo,