o podrias intentar algo asi
para cada uno de los checkbox
Código PHP:
<input name="NumID[]" type="checkbox" id="NumID" value="<?=$numfilas['ID']?>">
y para eliminarlos
Código PHP:
if (is_null($_POST['NumID'])) die ("No selecciono ningun mensaje!");
$string = join(',', $_POST['NumID']);
$SQL = "DELETE FROM mensajes WHERE ID IN (".$string.")";