No sé si realmente estás usando autentificación HTTP por médio de PHP o sólo desde Apache (y sus .haccess y .htpass...)
En tal caso .. si quieres usar autentificación vía PHP (pero HTTP) lee:
http://www.php.net/manual/en/features.http-auth.php
(Ojo!. Requiere de PHP instalado como Módulo de Apache, en instalaciones como CGI no se puede usar este típo de autentificación bajo PHP).
Lo otro es que uses autentificación standard (por un formulario HTML común hacia tu BD o donde gestiones tus usuarios) y hagas el seguimiento del usuario por sesiones/cookies en las páginas que requieran autentificación.
Un saludo,