Puedes probar el "ofuscador":
POBS
http://pobs.mywalhalla.net/
Por lo menos complica ver y seguir el código PHP fuente ...
Pero lo ideal sería que usases un "encoder" tipo Zend Encoder (del paquete Zend Studio:
www.zend.com) .. Pero esto requiere que se intale cierta extensión para PHP en el serividor (y esa en concreta no es gratuita).
Un saludo,