atena... como sabrás, el php se ejecuta del lado del servidor y JavaScript en el cliente.
Por eso siempre se ejecutará todo el PHP y se enviará el código HTML/JavaScript al navegador.
Recién ahí se ejecuta el JavaScript. Si necesitas comunicarte nuevamente con el servidor (para consultar a la BD por ejemplo), deberás hacer la nueva petción al servidor, lo que implica una recarga de la página.
Utiliza el buscador del foro y hallarás algunas alternativas a tu problema.
En las FAQ también hay un ejemplo de generación de un select a partir de la selección de un valor en otro.
Puedes buscar también sobre "remote scripting"
Saludos
