Cuando tienes dos versiones de una extensión .. no puedes usar ambas simultánemante .. debes usar una u la otra pero no amabs.
Si usas Linux para conectarte a MS SQL Server .. te hacen falta várias cosas más además de la extensión de PHP para que puedas usar las funciones mssql_xxx()
Lo tienes indicado en el manual oficial de PHP:
http://www.php.net/mssql
Fijate que habla de un "TDS" que debes instalar en tu servidor Linux.
Y debes compilar PHP (y el FreeTDS) con:
Cita: To get these functions to work, you have to compile PHP with --with-mssql[=DIR], where DIR is the FreeTDS install prefix. And FreeTDS should be compiled using --enable-msdblib.
(fijate en los comentarios de los usuarios de esas funcioens .. ahí veras ejemplos de compo compilar todo esto ..)
Un saludo,