es mejor ponerlo desde el codigo html asi:
<param name="wmode" value="transparent"> (aqui yo lo pongo y me resulta)
<param name="movie" value="mi_pelicula.swf">
<param name="quality" value="high">
<embed src="mi_pelicula.swf" quality="high"
ten en cuenta que algunos no pueden ver transparencias swf como el netscape o el mozzila