Bueno ... si programas bajo OOP .. te serviran esas útilidades .. Pero si no programas en "Programación Orientada a Objetos" ... que yo sepa no hay generador de documentación automático.
El "phpdocgen" que mencionas no es que no funcione en "Windows" .. lo que pasa es que está escrito en Perl . .como los hay también en PHP por ejemplo .. así que si quieres usarlo tendrás que instalar Perl en tu PC.
En PHP tienes:
PHP documentor
http://www.phpdoc.org/
En su documentación te explica como usarlo desde línea de comandos (Windows/Linux) o vía interface web ...
Un saludo,