Hola
Desde luego no entiendo muy bien porque te dicen que la librería GMP puede causar problemas con Cpanel. Ya que el único problema que se me puede ocurrir para que te digan eso, es que tu instales una versión y cpanel necesite otra. Pero no creo que cpanel haga uso, en absoluto, de esta librería.
Cita: Lo cual me resulta muy extraño, sobretodo la parte de que cada vez que se actualice el apache, haya que reinstalar las bibliotecas.
A mi, también me resulta más que extraño que te hayan comentado eso. No creo que necesites instalarla cada vez que atualices apache.
Saludos