EdRojas .. eso ya es problema integro de HTML/javscript
Fijate que con PHP "compones" el código HTML/javscirpt/etc de salida al navegador (cliente en este caso) .. No sé si esto te quedó claro.
Así que .. si tienes que "llamar" a una función javascript, la llamada la haces desde el HTML que has geneado desde PHP y si eso involucra que dependiendo por ejemplo de una condición en PHP se va a tener que "geneara" cierta salida HTML (con javascript) u otra .. al final estás haciendo una página HTML completa para ese caso (puedes verlo en tu navegador -> ver código fuente lo que resultó de la ejecución de tu scritp PHP).
De hecho .. en HTML .. javascript lo llamas ante un evento (normalmente) o bien ahí mismo tipo:
<script languaje="javascript">
reloadthis()
</script>
función javascript .. que tendrás declarada en otra parte (<head> o similar) de tu página HTML.
Y si eso ha de ser "lanzado" desde PHP .. tan sólo usa el "echo" como de constumbre o bien ?> y <? para "romper PHP en ese punto ..
Código PHP:
echo "<script languaje=\"javascript\">reloadthis()</script>";
Pero lo normal es que se ejecute ante un evento .. ya sea un "click" (onClick()) .. o por ejemplo antes "se cargó la página" .. onLoad() (en el <body>)
Si tienes problemas con todo eso ... visita el foro de javascript. Pero sobre todo empieza a pensar bien como trabaja PHP y que es lo que genera para que veas donde acaba PHP y donde empieza HTML/javascript/etc...
Un saludo,