Bueno si estas trabajando con servidores *NIX, lo que te recomiendo es que uses el cron para la tarea que necesitas.
El cron es un demonio que se ejecuta cada minuto y buscas los archivos que han sido agregados con el comando crontab, busca en ellos los comandos que se vayan a ejecutar.
A hora como sabemo php generalmente esta compilado como modulo de apache, pero tambien puede estar compilado como binario para poder ser usado en el shell.
Si esta compilado tambien de la segunda forma lo que necesitas hacer es escribir tu rutina como lo haces normalmente y agregar al inicio del script
#!/usr/local/bin/php -q . Si por algun motivo php esta compilado como modulo es tambien posible ejecutar el script pero para esto es necesario que uses un navegado de texto esto lo explicare mas adelante.
posterior a esto necesitas crear un archivo contrab que usara el cron para saber cuando ejecutar el comando que se encuentra en el.
supongamos que tu archivo en php se llama rutina.php y que lo quieres ejecutar cada hora pues bien en tu editor de texto favorito agregaras la siguiente linea.
<pre>
* 0-23 * * * /ruta/a/tu/script/rutina.php
#en caso de que este como modulo
#* 0-23 * * * lynx rutina.php > /dev/null
</pre>
la segunda linea esta comentada y la avilitas si php esta como modulo luego valiendote del lynx que es un navegador de texto levantas el script.
A hora salvas tu archivo y le poner algun nombre cron-hora por ejemplo y por ultimo lo agregas al cron de la siguiente forma
<pre>
crontab -u usuario cron-hora </pre>
y seria todo para mas detalles lee la siguiente documentacion;
man cron(8)
man crontab(1)
man crontab(5)
Saludos.