Claro... tú sabrás que para comunicar cliente y servidor vía php tendrá que haber una "recarga de página" obligatoria.
Existen métodos para hacer esa recarga invisible. Busca en el foro por "remote scripting" y encontrarás lo que buscas. Básicamente lo que se hace es tener un iframe en tu página que es el que se recarga, atualiza la BD y envía el pop-up.
Saludos
