Pues si, .. "parsear" aplicando expresiones regulares un archivo de texto plano de esas características va a consumir bastantes recursos del servidor y más si hay muchos de esos .txt que "parsear".
Si tienes alguna forma de que la aplicación que genera esos archivos pueda generar una versión en CVS sería lo ideal.
La expresión regular a aplicar .. no te sabría decir (no es mi fuerte) .. sólo te puedo recomendar algún tutorial al respecto para que lo veas tu mismo. Las expresiones regulares PHP te "ofrece" usarlas .. pero no es própio de PHP como lenguaje.
Un manual de expresiones regulares aplicado a PHP:
http://www.ignside.net/man/php/regex.php
Un saludo,