Para manejarlo puedes usar:
http://www.php.net/manual/en/ref.openssl.php
(si hablamos de certificados SSL .. si son como para "factura electrónica" y similares no sé si usarán la misma técnica o será otra .. en tal caso el sistema de autentificación/pasarela de autentificación te lo debería proporcionar esa "casa de la moneda y timbre"...)
Un saludo,