Hola Atena,
puedes usar la funcion de date() de php, pero creo que lo mejor es hacerlo con Mysql directamente.
Código:
Select (hora_entrada - hora_salida) as resta_tiempo from tabla
Claro recuerda que esto depende si los campos son TIMESTAMP (Hora Unix)
Pero revisa las Funciones Date de Mysql que si no me equivoco hay debe estar un ejemplo en la documentacion de Mysql.
Bye