Puedes usar la función:
ini_set() para cambiar en tiempo de ejecución un valor de configuración (php.ini) de PHP. Eso sí, no se puede hacer con toda directiva ..pero la que mencionas si se puede. Sería algo tipo:
ini_set("session.gc_maxlifetime","segundos que necesites");
Todo esto antes de tus session_start()
más info:
http://www.php.net/session http://www.php.net/ini_set
Un saludo,