No puedes hacer ese proceso automático como pretendes hacerlo.
El Upload de archivos como pretendes hacerlo es vía HTTP .. eso implica UN formulario HTML de cierto tipo con un campo (o tres en tu caso) <input type="file" ....> lo cual implica que cada archivo tendrá que seleccionarlo el USUARIO manualmente de la ruta donde esté.
Todo esto lo detalla perfectamete el manual oficial de PHP:
http://www.php.net/manual/en/features.file-upload.php
Ahora .. si quieres automatizar ese proceso, puedes INSTALAR un servidor FTP en ese PC de tu "cliente" que conoces la ruta de esos archivos. En este caso, PHP hará de "cliente FTP" -> conectará a ese servidor FTP (autentificandose) y obtendrá de el (vía FTP) esos N archivos de sus rutas dadas (configurando un usuario en ese servidor FTP que tenga aceso a esos directorios ..).
Un saludo,