Si lo que quieres es generar estas tablas:
Código HTML:
<script language="JavaScript" type="text/JavaScript">
var provincias_1=new Array("-","Andalucía","Asturias","Baleares","Canarias","Castilla y León","Castilla-La Mancha","...")
var provincias_2=new Array("-","Salta","San Juan","San Luis","La Rioja","La Pampa","...")
var provincias_3=new Array("-","Cali","Santamarta","Medellin","Cartagena","...")
var provincias_4=new Array("-","Aisne","Creuse","Dordogne","Essonne","Gironde ","...")
</script> Lo que puedes hacer es construirlas directamente con los resultados del php, p.ej:
Código PHP:
...
$var1=''Andalucia";
$var2="Asturias";
$var3="Baleares";
...
$str_js= "<script language="JavaScript\" type=\"text/JavaScript\">";
$str_array= "var provincias_1=new Array(\"-\",\"".$var1."\",\"".$var2."\",\"".$var3."\",\"...\")";
// Donde toque haces un echo y te saldra construido tu javascript.
echo $str_js;
echo $str_array;