Desde que empecé a programar en PHP y hacer consultas en MYSQL me ocurrían errores que no podía ver pero que me daba cuenta que estaban porque alguna tabla no actualizaba los datos o no los insertaba, etc.
Después de eso, me basé siempre en mi phpmyadmin para estandarizarme al código SQL y he tenido ahora ya cierta tendencia ortográfica en SQL que me ha evitado ese tipo de errores de confusión en MySQL
Por ejemplo, quizá tu error se deba a que no creas tu consulta de la siguiente manera:
Código PHP:
$contador = mysql_fetch_array($resp);
$contador[in]++;
$query = "UPDATE `ibpremios` SET `in`='$contador[in]' WHERE `id`='$id'"; mysql_query($query);
Espero que te funcione y que tomes esta buena cultura ortográfica. Para que evites confusiones del pobre MySQL.
Saludos.