Pero .. quien "chachea" tus "include" ... ?
En principio si hablamos de control del caché de un navegador/proxy .. los puedes evitar con las cabeceras HTTP adecuadas de "no-caché" que puedes ver y "lanzar" desde PHP en:
header()
www.php.net/header
Por lo demás .. lo que se "cachea" sería el script "padre" que llama a esos include("archivo.tal") .. no los "archivo.tal" própiamente. Te recuerdo que una llamada a un archivo externo a un script bajo un include() lo que hace en el fondo es "unir/mezclar" ambos scripts y son ejecutados como una sóla entidad.
Un saludo,