Si tienes elementos repetidos será por qué así están en tu BD .. No por el hecho de que el "select multiple" los crea.
En principio .. sería obtener de tu consulta SQL esos registros "únicos" .. No sé por qué se repiten (deberías estudiar como evitar eso ..) pero en principio podrías usar "DISTINCT" (si hablamos que usas Mysql) para evitar los duplicados.
Código PHP:
$sql="SELECT DISTINCT id,barrio FROM paradas";
Pero, .. insisto que debes ver bien por qué se originan duplicados ya que usas ese "ID" que deberían ser únicos ..
Un saludo,