Para enviarlo en formato HTML tienes que utilizar el método isHTML():
Código PHP:
$mail = new PHPMailer();
$mail->IsHTML(true);
Una gran referencia en español para el uso del phpMailer es:
http://www.programacion.com/php/articulo/phpmailer/
Hay ejemplos y sobretodo lee los comentarios, que incluyen una aclaración sobre la no obligatoriedad de el uso del método isHTML() cuando se definen los atributos "Body" y "AltBody". Léelo y se te aclararán varias dudas.
Saludos
