Hola,
Bueno, creo que es otro error de sintaxis javascript. En javascript pasa lo mismo que en PHP: una cadena limitada por " no puede contener ". Asi que el codigo tendria que ser:
var i<?php echo $cont; ?>= "<a href=\"javascript
:Abrir_Ventana_Scroll('noticia.ph p?idnoticia=<?echo $noticia['idnoticia']?>','','width=500,height=500')\"></a>";
Asi creo que se soluciona.
Saludos.