En PHP tienes dos formas de hacerlo:
1) Usando Zend Encoder (del paquete Zend Studio) o similar .. Requiere que el servidor que ejecute tu código tenga instalado esa extensión:
www.zend.com
2) Ofuscar el código ... Se trata de "complicar" la lectura del código .. Pero, el código sigue estando ahí y es ejecutable:
http://pobs.mywalhalla.net/
Un saludo,