Hola
En
http://www.zonaphp.com/ tienes un tutorial sobre creación de webs modulares vastante bueno.Tambien tienes algo sobre POO, que seria el metodo de programación mas recomendable para optimizar, reutilizar y modificar codigo, aunque yo suelo mezclar POO con estruzturada.
No deverias colocar nada de codigo directamente y menos que muestre una salida html, tambien puedes utilizar templates (archivos html con el diseño y ciertas variables para su parseado).
Ahi gente (yo estoi opensando seriamente unirme) que crea un archivo "functions.php" y despues crea un archivo por cada funcion o por cada grupo de funciones que tengan algo que ver entre si, y luego incluye estos archivos en functions.php y este a su vez dentro de main.php o index.php (si es modular).
Suerte