Bueno .. pero .. esto ya no tiene mucho que ver con PHP .. Me refiero a que tu "aplicación" (sea en PHP o en otro lenguaje) .. tu manual debe de detallar procedimientos con sus descripciones en "imagenes" a ser posibles o hasta en vídeo (animado) de como se use ...
Puedes ir haciendo capturas de tu aplicación y armar un "help" de windows. Si usas google y buscas por "chm" que son los 'help" de windows .. podrías ver cosas como esta:
http://www.fast-help.com/
Como curiosidad por si quieres generar un vidéo para mostrar en "vivo" como funciona tu aplicación .. puedes usar:
http://xvidcap.sourceforge.net/
(es para Linux . .supongo que habrá equivalentes en windows)
Un saludo,