Holas capuleto que tal!!, antes que nada creo que tu pregunta no tiene nada que ver con PHP, al menos la respuesta que yo voy a darte...
tienes varias formas de hacerlo..
1. Por medio del fichero .htaccess.
2. Por medio de CHMOD y los permisos.
3. o incluso colocando un index.htm en esa carpeta con un "error falso".
Yo te recomiendo la segunda, que a tus carpetas prohibas el acceso publico, realmente no se si es la forma más indicada pero es la que yo utilizo siempre.
SALUDOS