Depende de si el archivo es AVI o MPG... si es AVI se puede hacer con virtualdubmod recomprimiendo el video y añadiendo el filtro "logo" para poner la imagen a todo el video... Si lo quieres poner sólo a una parte se puede cortar el trozo, pegar el logo, y luego unir el trozo con logo al resto del video... Lo mejor sería usar un programa de edición que soporte AVI, lo único sería saber qué características tiene ese AVI en cuanto a codecs (pues p. ej. el Premiere no pilla los divx ni xvid)
Si es MPG usa el Adobe Premiere, con él te quedará mejor y más profesional...
Saludos