Bueno, ya lo tengo solucionado...
Bufff, me ha costado lo mío y más
A ver, la historia iba por lo de las comillas como me dijisteis pero el encode y tal no funcionaba, al pasar la variable me pasaba las comillas simples con '\.
Al final tras muchas pruebas me dí cuenta que la única solución era pasar las variables por post y no por get (que es lo que transformaba así las comillas). Y eso hice... en el botón de flash llamar a la funcion en javascript que me hacia un submit de un formulario donde le paso por variables ocultas la variable $Buscar.
No sé si me he explicado muy bien...
Muchas gracias por todo y hasta la próxima... :)