Scrips que hagan o genere un ".sql" de tu estructura y datos de tu BD hay muchos .. ahora, que se ejecuten a determinada hora eso ya no depende de PHP (si ha de ser fielmente a tal hora) .. En ese caso el script se ejecuta bajo la creación de un Cron Job o similar en tu sistema que llame a ese script tuyo a intervalos de tiempo definidos en ese "Cron Job" (de Linux) o "Programador de taréas" (Windows).
Puedes encontrar escripts de ese tipo en sitios como:
www.hotscripts.com www.phpclasses.org
Un saludo,